JavaDB(Apache Darby)

おー、これはなかなか。
ただ、おまけで付いて来るっても標準でClasspathに入っているわけではないんね。使う際にはJWSかなにかでアプリのjarと一緒に配信するのが正しいっぽいです。

起動はとんでもなく重いですが、こまめにアプリ自体を落とす使い方をしない限りは問題なさそうです。
あと、できあがったDBのファイルをコピーして持ち歩くのはなんかデータが壊れて危険そう(^^;)。持ち歩きにはXMLにシリアライズすべきだろうな。